Tym, co cechuje Pieniny jest także ich korzystny klimat. Wypada on znacznie lepiej aniżeli w regionach sąsiednich. Między innymi dlatego tamtejsze wsie oraz miasteczka mają uzdrowiskowy charakter i są często wybierane przez kuracjuszy z całego kraju. Zachmurzenie jest umiarkowane, a roczna suma opadów niewielka. Wpływa na to otoczenie Pienin przez wyższe pasma górskie, co owocuje tak zwanym cieniem opadowym. Najwyższą intensywność deszczów odnotowuje się w lipcu, a najniższą w styczniu.
Południowe stoki są silnie nasłonecznione, natomiast doliny potoków są zdecydowanie chłodniejsze. Jeśli chodzi o wiatr, dominuje zachodni – najsilniej wieje w dolinach przełomowych oraz głębokich przełęczach. Niska jest aktywność halnego, który powiewa słabo. Miesiące wiosenne są suche, z bardzo rzadkimi opadami. Pokrywa śnieżna zalega typowo od połowy listopada do pierwszego tygodnia kwietnia. W wyższych partiach gór – do końca kwietnia.
Jak widać teren jest raczej wolny od pogodowych ekstremów, co podoba się turystom.
