Nie można pominąć w opisie warunków naturalnych panujących w Pieninach wielkiego bogactwa zwierząt. Przeważają opinie, że w rejonie tym występuje połowa wszystkich gatunków żyjących w naszym kraju (13 do 15 tysięcy).
Dominują wśród nich bezkręgowce, w tym owady nie występujące nigdzie indziej – choćby wspomniany już powyżej niepylak Apollo. W tym paśmie górskim mieszka obecnie 10 gatunków płazów, w tym między innymi traszki, kumaki, żaby, salamandra plamista oraz gady: jaszczurki, żmija zygzakowata, gniewosz plamisty i zaskroniec zwyczajny.
Z uwagi na różnorodność siedlisk, a także obecność akwenów, w Pieninach nie brakuje również licznych ptaków drapieżnych, leśnych, polnych i wodnych. Liczbę gatunków ssaków szacuje się w tym momencie na 61.
Dominują małe gryzonie oraz nietoperze. Większe ssaki należą do rzadkości.
Można jednak spotkać sarny, jelenie oraz dziki, w dolinie Dunajca śmiało poczynają sobie wydry. Populację rysia ocenia się na kilka sztuk.
Według aktualnych badań w Pieninach nie ma już żbików. Spotykane czasami ślady niedźwiedzi i wilków pochodzą od zwierząt przychodzących z innych obszarów.
